In 1862 Jellinek founded the Beit ha-Midrash Academy where he delivered public lectures. A scholarly periodical, also called Beit ha-Midrash, was published under its auspices. Jellinek was considered the greatest preacher of his day and some 200 of his sermons were published, some in translations into Hebrew and other languages. Their most striking characteristic was that, while related to actual problems of the day, they made brilliant and original use of aggadah and Midrash. Jellinek also produced a large number of scholarly works in numerous fields.

חדר ה: תפלת מרדכי ואסתר בלשון ארם ועבר; חלום מרדכי והוספות למגלת אסתר (תורגם מלאטינית על ידי ר' מרדכי ב"ר מכיר); ספר אלדד הדני, נוסחא ג; מעשה הנמלה; מדרש קרי ולא כתיב וכתיב ולא קרי; מדרש ר' עקיבה בן יוסף על הזיינין; כסא ואיפודרומין של שלמה המלך; מדרש דאברהם אבינו; גן עדן וגיהנם; מדרש על הפסוק והוא עבר לפניהם; אגדת תכלת י"ח; אגדת עולם קטן; אגדתא דשמעון כיפא [נוסחא א]; מדרש ה' בחכמה יסד ארץ; מדרש שוחר טוב למזמורי תהלים סח-עח, צו-צט, קיט; מדרש הלל (הנקרא ספר המעשים); ענין חירם מלך צר; מדרש עשר גליות, נוסחא ב; מעשה דניאל; מעשיות; לקוטי מדרשים; הגדת שמע ישראל; הוספות להיכלות רבתי; ספר היכלות ונקרא גם כן ספר חנוך (נוסחא אחרת); לקח טוב (לר' טוביה בר אליעזר) על ברכת יעקב אבינו. ווינא, הוצאת האחים ווינטער, חש"מ, תרל"ג. LX, [3], 208 עמ'.